Nach Berechnungen des Instituts für Handelsforschung an der Universität zu Köln hat der pharmazeutische Großhandel in den ersten fünf Monaten des Jahres 2004 eine durchschnittliche Handelsspanne von 6,25 % bei den Arzneimitteln erzielt, die der Arzneimittelpreisverordnung unterliegen. Dies ist eine Konsequenz des GKV-Modernisierungsgesetzes, das durch eine Novellierung der Arzneimittelpreisverordnung zum 1. Januar 2004 zu einer Reduzierung der Großhandelsspanne um mehr als die Hälfte geführt hat.
Da sich die Spanne des pharmazeutischen Großhandels als Monatswert von Januar bis Mai kontinuierlich verringert hat, geht der Bundesverband des pharmazeutischen Großhandels – PHAGRO – e. V. davon aus, dass sich die Spannensituation im Jahresverlauf noch weiter verschlechtern wird. Im Mai 2004 erzielten die PHAGRO-Mitglieder nur noch eine Großhandelsspanne von 6,21 %. Im europäischen Vergleich findet sich die Spanne des pharmazeutischen Großhandels in Deutschland am unteren Ende der Vergleichsskala wieder.
Als Drehscheibe des Arzneimittelmarktes liefert der Pharma-Großhandel jährlich etwa 1,3 Milliarden Arzneimittelpackungen an Apotheken schnell und zuverlässig aus. Der vollsortierte pharmazeutische Großhandel gewährleistet im Rahmen seiner Logistik aber nicht nur die permanente Versorgung der 21.300 Apotheken in Deutschland, sondern sichert auch die Vorfinanzierung der GKV-Ausgaben für Arzneimittel Monat für Monat. Für die Leistung des Großhandels müssen die Krankenkassen jetzt nur noch etwa 4 % ihrer Arzneimittelausgaben aufwenden. Etwa 96 % der Kassenausgaben für Arzneimittel fließen der pharmazeutischen Industrie, den öffentlichen Apotheken und dem Finanzministerium zu, da in Deutschland der volle Mehrwertsteuersatz von 16 % auf Arzneimittel erhoben wird. Die Ausgaben der Krankenkassen für die Mehrwertsteuer auf Arzneimittel werden in diesem Jahr ca. dreimal so hoch sein wie ihre Ausgaben für die Arzneimittellogistik des pharmazeutischen Großhandels.